당연히 인식됩니다. 즉 반영이 됩니다.

무상증자의 경우

주식발행초과금 100    / 자본금 100

즉 자본총액에는 변화가 없지만 구성항목에 변화가 생기므로 당연히 회계상 거래가 됩니다.